5.2.4設立獨立的、具有足夠空間的理化檢驗室和微生物檢驗室，必要時設立獨立的感觀檢驗室和留樣室，并配備相應的檢驗儀器設備。
  5.3 車間隔離
  5.3.1 車間應根據生產工藝流程、生產操作需要和生產操作區域清潔度的要求進行隔離，以防止相互污染。 
  5.3.2制曲室應和其它場所隔離，盡量避免除曲種以外的微生物侵入。
  5.3.3配兌場所、開放式殺菌場所、包裝場所應與其他場所隔離。
  5.3.4淋油、壓榨場所及半成品醬油貯藏場所應與其它場所隔離。
  5.2.5 凡清潔度區分不同（如清潔、準清潔及一般作業區）的區域，應予以隔離（表1）。（按GB/T 18204.1中的自然沉降法測定，各生產作業區空氣中的菌落總數應控制在：每平皿菌落數（cfu/皿）一般作業區≤500， 準清潔作業區 ≤ 75，清潔作業區 ≤ 50。）
表1 醬油生產企業各作業場所的清潔度區分
廠房設施（原則上根據加工順序排列） 清潔度區分
原材料倉庫原料處理場所鹽水溶解澄清場所發酵場所內包裝容器洗滌場所（注1）空瓶（罐）整理、堆放場所殺菌場所（采密閉設備及管道輸送）。 一般作業區
制曲室（注2）淋油、浸出或壓榨場所配兌場所內包裝材料準備室緩沖室殺菌場所（采開放式設備） 準清潔作業區 管制作業區
內包裝室 清潔作業區 
外包裝室成品倉庫 一般作業區
化驗室辦公室（注3）更衣及洗手消毒室廁所回收空瓶存放區其它 非食品生產區
注：1. 內包裝容器洗滌場所的出口處應設置于管制作業區內。2. 制曲過程中，制曲室有大量有益微生物存在于空氣中，空氣中的菌落總數暫不作具體要求。3. 辦公室不得設置于管制作業區內（但生產管理與現場檢驗場所除外，但應有適當的管理措施）。
  5.4 廠房結構
  5.4.1廠房應用適合的建筑材料建造，堅固耐用、易于維修和保持清潔，并能防止原料、半成品、食品接觸面及內包裝材料遭受污染（如害蟲的侵入、棲息、繁殖等）。
  5.4.2 制曲室應符合下列要求：
  5.4.2.1室內地面應平坦不滑、有適當斜度，以利排水、清洗，并用無毒、非吸收性、不透水的材料建造。如用混凝土地面應磨平或涂以耐磨樹脂。
  5.4.2.2室內墻壁應以不透水，耐腐蝕且表面光滑的材料施工，以利于清洗。
  5.4.2.3曲箱中與物料直接接觸的部位應由不銹鋼制造，支架應采用不銹鋼材料或經防腐處理，以便于清洗及避免雜菌孳生。
  5.4.3為防止交叉污染，應分別設置人員通道及物料運輸通道，各通道應裝有空氣幕（即風幕）或水幕、塑料門簾或雙向彈簧門。不同清潔區之間人員通道和物料運輸應有緩沖室。