11．加工設備的布局和加工工藝流程應當合理．防止生食品與熟食品、有機原料與成品交叉污染。有機(天然)食品不得接觸有毒、不潔物品．

    12．加工中所使用的物具必須標明其用途和使用方法。必須認真清洗所有用過的設施和材料。不允許有機(天然)食品中有清潔劑的殘留。

    13．食品加工單位必須在取得有機食品發展中心或其授權機構同意后才能進行有機(天然)食品的加工。

    14．有機(天然)食品加工車間必須經常清洗與消毒。所有消毒劑必須是無污染的天然鉤品。可以根據附錄中的規定使用殺蟲劑，但必須有計劃采取排除害蟲和改善衛生條件的措施來逐步減少殺蟲劑的使用量。

    15．有機(天然)食品加工廠內使用的機械設備或工具等必須用無污染的材料制造。

    16．必須對加工有機(天然)食品的工作人員定期進行身體檢查。不允許有傳染病的人上崗。

    17．有機(天然)食品加工過程中，不使用會改變原料分子結構或會發生化學變化的處理方法，禁止使用酸或堿水解。

    18．不允許使用任何人工合成的食品添加劑和維生素，可以使用天然的香料、防腐劑、抗氧化劑、發色劑、漂白劑、酸味劑、凝固劑、疏松劑、增稠劑、消泡劑、甜昧劑、著色劑等。

    19．允許在加工設備周圍使用機械、電、外激素、氣味以及粘合的捕害工具。允許使用物理柵欄，硅藻土，聲和光等的器具作為驅趕害蟲的設施或物質。

    20．允許使用二氧化碳和氮氣作為熏蒸劑和包裝填充劑。允許對有機(天然)食品進行冷凍、加熱和真空處理。

    21．滿足下列條件時，可以使用植物農藥(如除蟲菊、魚藤酮、魚尼丁)和非有機農藥(如硼酸)防治害蟲。

    (1)用于防治的物質不含石油餾出物載體。

    (2)用于防治的物質不含增效劑(如氧化胡椒基丁醚等)．

    22．提倡使用機械和物理的方法除鼠。允許使用維生素D為基本有效成份的殺鼠劑和液體或塊狀的以抗凝血劑為主的殺鼠劑。

    23．在防治無效或允許使用的物質短缺等特殊情況下。可以使用其它注冊登記的物質。

    24．使用薰蒸劑必須符合附錄中的規定，不允許使用溴代甲烷、磷化氫、氯化苦和其它未列入允許使用物品表上的薰蒸劑來薰蒸。不允許將頒證的食品帶到有附錄中限用或禁用物質的地方。

    25．加工有機(天然)食品的周圍地區禁用汽化殺蟲劑、有機磷、氯代烴類或氨基甲酸酯殺蟲劑。

    26．禁止用未列入允許使用藥品表上的任何殺鼠劑，包括在鼠類出沒地方撤藥粉和粉狀制劑。

    27．嚴格按照國家食品衛生法的要求選擇有機(天然)食品包裝材料。所有包裝必須不受殺菌劑、防腐劑、熏蒸劑、殺蟲劑等污染物的污染。