如果某動物個體或某禽類動物群在一年內超過兩次或最多三次使用了化學合成的對抗療法的動物藥品或抗生素，或禽類動物的生命周期短于1年，但治療次數超過1次，所涉及的禽類動物及其產品不允許作為有機農業產品出售，獲得監控機構同意后，禽類動物需經過規定的轉型期；注射疫苗、治療寄生蟲病、成員國引入的法定清除計劃可例外。
    6  有機農業動物飼養方式和動物運輸與認定
    6.1  善待動物的飼養和運輸方式
    6.1.1  適合物種特性的飼養  應滿足禽類動物生理和習性需求適合禽類動物的活動和居住條件。
    6.1.2  自然繁殖  原則上有機農業禽類動物繁殖以自然交配方式進行。允許人工授精。禁止人工繁殖的其它形式(如克隆)。
    6.1.3  禁止動物致殘措施  禁止對禽類系統實施鳥喙的修整等致殘措施。基于動物安全、保護、衛生和健康，監控機構可批準特定措施，必須在適合的動物年齡由專業合格人員施行，把動物痛苦降到最低。為了延續傳統閹雞等生產方式和保證產品質量，允許在上述條件下實施動物生理閹割。原則上禁止“拴繩飼養”。
    6.1.4  群體方式飼養  群體大小必須適合禽類動物發育階段和物種習性。
    6.1.5  屠宰禽類最低年齡  肉雞81天，閹雞150天，北京鴨49天，母番鴨70天，公番鴨84天，雜交鴨(北京鴨和番鴨的雜交)92天，珍珠雞94天，火雞和鵝140天。否則必須采用生長慢的品種。
    6.1.6  減少動物緊張  動物屠宰前和屠宰期間，采用的手段和措施必須把禽類動物緊張減少到最低。運輸中必須避免禽類動物過度緊張，遵守成員國或歐盟的適用法規。禁止使用電棒摧趕動物。禁止使用對抗療法的鎮靜劑。
    6.2  可回溯跟蹤的標注
    追溯跟蹤動物肉制品在生產、加工、處理、直至最終包裝與標簽的產業鏈物流，動物和動物源產品必須標注可識別。只要技術上可行，成員國需采取有效措施明確可回溯性，保證在生產、屠宰、肢解等加工環節直至消費者層次進行有效監控。
    7  有機農業的動物源經濟肥料
    7.1  有機農業動物源經濟肥料的量化管理
    有機農業生產單元整體使用的肥料最高限量值：每公頃農用土地每年不允許超過170千克氮素，計算基礎是所有合作的有機農業生產單元。只能在有機農業企業間進行合同式合作，以便施放多余的動物源經濟肥料。成員國也可酌情確定更低的最高限量值。必須保證動物源經濟肥料的倉貯能力足以排除直接污染或土壤滲透引起的水系污染。
    7.2  密度的控制
    適宜動物數可以在生產單元內合理地把植物栽培和動物飼養組合起來，把對環境、土地、水源的負擔減少至最低，所以必須限制飼養密度。相當每年每公頃農用土地上施加170千克氮素所飼養的動物數稱之為動物飼養單位，不同動物的飼養單位有不同的動物個體數，《歐洲有機法案》提供了每公頃允許飼養的動物飼養單位的動物個體數，肉用雞：580；蛋雞：230。