歐洲議會的決定。如果預審提案和投票意見不一致、或沒有進行提案討論，歐洲委員會應立即向歐洲議會呈交預審提案。歐洲議會以特定多數票程序，決定是否頒布法案的。
    自動通過原則。如果歐洲議會在三個月限期內未作出決定的話，表明預審提案自動通過，歐洲委員會對預審提案頒發法案。
    9.3  種子和植物繁殖材料特例
    截至2003年12月31日為止的過渡期內，可使用非有機農業種子和植物繁殖材料，需符合某成員國“具體負責的政府機構”的規定，使用者必須向監控機構提供證明，市場上沒有有機農業的種子和植物繁殖材料的可供資源。在能夠從市場獲得的情況下，必須使用符合有機農業規程的物品。成員國應向其它成員國和歐洲委員會通報“缺貨情況”。
    啟用第14條操作程序可以決定以下措施：引入在過渡期（在2003年12月31日前）生效的措施，對使用非有機農業種子和植物繁殖材料的特定物種、類型以及化學處理等進行限制；頒發過渡期后上述限制規則繼續生效或部分規則繼續生效的法案；引入特例規程的操作程序和標準以及相應專門委員會、成員國及歐洲委員會的報告。
    9.4  植物幼苗特例
    在有機農業植物生產中，如果使用非有機農業生產方式獲得的幼苗，必須滿足下列條件：幼苗使用者向監控機構提供證明，在歐盟市場不能獲得相應物種的有機農業植物幼苗，對此成員國“具體負責的政府機構”頒發使用許可；幼苗來自于實施監控規程的生產實體，播種后僅使用了收錄在《歐洲有機法案》的肥料和土壤改良劑、農藥及其它防治物質；幼苗定植后，必須遵守有機農業基本規程，只允許使用收錄在《歐洲有機法案》的特定物質，收獲前至少栽培了6個星期；在有機農業幼苗的缺貨狀況結束后，可撤回許可。
    如果頒布了許可，相應成員國應及時通報其它成員國和歐洲委員會，同時告知如下信息：許可日期；所涉物種及品種的名稱；所需數量以及許可頒布理由；估計的缺貨時期；歐洲委員會或其它成員國所要求的其它信息。如果在通報后，某成員國向歐洲委員會和頒布許可的成員國提供信息；在缺貨時期，仍可獲取某一適合材料，那么所涉成員國可最后一次權衡，取消許可或縮短許可有效期；該成員國在獲得上述信息后的10天內，向歐洲委員會以及其它成員國通報相關決定。在某成員國要求下或歐洲委員會推動下，可啟動《歐洲有機法案》第14條操作程序決定取消許可或者改變許可有效期。
     9.5  食用菌培養劑特例
    截至2001年12月1日為止，可以使用非有機農業的廄肥、堆肥和動物糞尿，必須滿足《歐洲有機法案》的相關描述、組成和使用要求，使用必要性需獲得監控機構的確認。在此情況下，產品標簽及廣告必須標注：該食用菌栽培于常規農業的培養劑上，它們臨時性地允許使用于有機農業。標簽廣告中標注的文字“有機”不允許比其它文字突出。