生物多樣性：有機(jī)農(nóng)民是各級生物多樣性的保管者和使用者。在基因一級，傳統(tǒng)和改良種子和品種因抵御病害和惡劣氣候能力強(qiáng)而受歡迎。在品種一級，動植物的不同組合優(yōu)化了農(nóng)業(yè)生產(chǎn)的養(yǎng)分和能量的循環(huán)利用。在生態(tài)系統(tǒng)一級，有機(jī)農(nóng)田保持沒有化學(xué)投入物的天然環(huán)境，為野生動物創(chuàng)造了有利的生境。頻繁使用利用不足的品種（往往為增強(qiáng)土壤肥力而輪種）減少了農(nóng)業(yè)生物多樣性的侵蝕，形成較為健康的基因庫--今后適應(yīng)的基礎(chǔ)。提供食物和庇護(hù)所以及沒有農(nóng)藥吸引了新品種或重新定殖品種來到有機(jī)農(nóng)區(qū)（長期和遷移），其中包括野生植物、動物（如鳥）和有益于有機(jī)農(nóng)業(yè)的生物，如授粉者和害蟲天敵。

遺傳改變生物：在有機(jī)糧食生產(chǎn)、加工或搬運(yùn)任何階段，有機(jī)系統(tǒng)不允許使用遺傳改變生物。由于人類尚未完全了解遺傳改變生物對環(huán)境和健康的潛在影響，有機(jī)農(nóng)業(yè)謹(jǐn)慎小心，鼓勵(lì)使用天然生物多樣性。因此，有機(jī)標(biāo)簽證明在有機(jī)產(chǎn)品的生產(chǎn)和加工過程中未有意識地使用遺傳改變生物。常規(guī)產(chǎn)品不能保證這一點(diǎn)，因?yàn)榇蠖鄶?shù)國家尚未要求含有遺傳改變生物的食品貼有關(guān)標(biāo)簽。但是，由于常規(guī)農(nóng)業(yè)越來越多地使用遺傳改變生物和這些生物在環(huán)境中的傳播方式（如通過花粉），今后有機(jī)農(nóng)業(yè)不能保證有機(jī)產(chǎn)品完全不含遺傳改變生物。糧農(nóng)組織出版物"遺傳改變生物、消費(fèi)者、食品安全和環(huán)境"詳細(xì)探討了遺傳改變生物。

生態(tài)服務(wù)：有機(jī)農(nóng)業(yè)對自然資源的影響有助于農(nóng)業(yè)生態(tài)系統(tǒng)內(nèi)部的相互作用；這些相互作用對農(nóng)業(yè)生產(chǎn)和自然資源保護(hù)都極為重要。產(chǎn)生的生態(tài)服務(wù)包括土壤形成和改良、土壤穩(wěn)定、廢物循環(huán)利用、碳截留、養(yǎng)分循環(huán)利用、掠食（害蟲）、授粉和生境。通過選擇有機(jī)產(chǎn)品，消費(fèi)者利用他們的購買力促進(jìn)了污染較少的農(nóng)業(yè)生產(chǎn)方式，降低了農(nóng)業(yè)在環(huán)境方面隱藏的自然資源退化成本。Jules Pretty最近的出版物: "現(xiàn)代農(nóng)業(yè)的實(shí)際成本" 更加詳細(xì)地探討了其中許多問題。