有機農業生產強調優先使用當地資源，優化在同一土地上多種植物和動物對資源的利用。這種時間和空間上生物多樣性的管理，是農民對農業系統的生產性“投入”。 

　　農民在多種層次上同時是生物多樣性的管理者和用戶。基因層次：首選使用本地的種子和品種，本地品種有較高的抗病性，對當地氣候有較高的適應性。物種層次：動植物多樣化的組合，優化農業生產體系內部養分和能量的循環。生態層次：維護農田及其周圍區域的自然性質，不使用化學投入物，營造適合野生動植物的生活環境。依靠自然控制的方法，保持生物多樣性，避免害蟲由于化學防治所產生的選擇抗藥性。 

　　有機農業與土壤生態系統有機農業強調依靠土壤的自然肥力牞采用作物輪作、生物共生、種植綠肥作物、使用有機肥和減少耕作等措施。長期采用有機農業方法，可以顯著增加土壤中生命體的數量和種類，如有益節肢動物、蚯蚓、共生生物和細菌等，特別是一些瀕臨滅絕的土壤物種。有“生命力”的土壤有如下作用：無脊椎動物（如蚯蚓等）分解植物殘體，有利于養分、氧氣和水分循環。微生物（如細菌和真菌）將作物不可利用的營養元素分解為有效養分，促進養分循環，降解有毒物質。在有機農業系統中，較高的生物量和微生物種群密度，提高了土壤碳元素的保持力。 

　　有機農業與農業生態系統在有機農業系統中，必須加強作物自身的抗病性和害蟲天敵的作用。作物輪作是土壤管理的基礎，是害蟲治理和土壤肥力管理的工具。輪作、間作、建立“作物－樹木－動物” 綜合生產體系這些技術措施，為有益生物提供了棲息地，吸引害蟲天敵和授粉昆蟲到系統中棲息、繁衍。通過促進當地植物和動物的相互作用來保護農業生態系統。生物多樣性的有機農場對改善農業生態系統有如下作用，氮循環：在輪作中種植豆科植物和其他固氮植物（如苜蓿）固定空氣中的氮。共生和寄生：共生生物（如菌根）在吸收養分和減少病原菌侵害方面扮演最重要的角色；寄生可用于對蟲害的生物控制。捕食：捕食性天敵和被捕食昆蟲間的內部競爭可以將害蟲控制于一定水平之下。傳粉：由于在有機農場改善了棲息地的環境，不使用化學農藥，傳粉昆蟲數量下降的勢頭得到控制。很多農作物和開花植物必須由昆蟲（蜜蜂、蝴蝶、甲殼蟲）和其他動物傳粉。 

　　有機農業與自然保護在有機農業系統中，保護與農田相鄰周圍的自然植被是通常的做法，給多種昆蟲的天敵、野生動物、鳥類和其他野生生物提供可替代的食物和棲息地。有機農業生態環境對保護野生生物起到如下作用：按有機農業方式生產，農田的生物多樣性和植物生物產量遠遠高于常規種植；由于大量的食物來源和棲息地，豐富了有機農田的生物區系，例如有機農業對阻止地面孵化的鳥類種類的下降起著積極作用；在農田占支配地位的地區，按有機農業要求設置緩沖帶，對保護野生動物十分重要。