二、環境目標和管理方案的合理性
實施環境管理方案、控制重要環境因素、實現環境目標是EMS的運行主線，也是第二階段審核評價EMS有效性的重要內容。因此，應通過第一階段審核，使受審核組織環境目標和管理方案的合理性得到確定。但是，初次建立EMS的組織在制定環境目標和管理方案時免不了出現不符合標準要求的問題，如環境管理方案的針對性不強，與組織自身的重要環境因素脫節；環境目標內容空泛，僅限于污染物控制等，缺少實現目標的方法、措施，職責不明確等。審核組通過文件審查和第一階段現場審核，應指出受審核方存在的問題并開具不符合報告（或問題清單），要求其修改相應文件，直到基本符合標準要求。否則，就會出現由于總體環境目標和管理方案不合理，導致各層次、各部門的目標和管理方案的失準，使第二階段審核無法對環境績效進行評價，也難以獲取實現目標的審核證據，給EMS有效性評價帶來困難。

三、問題改進的完整及適宜性
一般情況下，第一階段審核應對組織的主要生產場所、動力裝置場所、危險化學品庫房、污染物治理設施、固體廢物堆放場所及周邊環境等存在重要環境因素的現場進行勘察。同時，也應對組織的生產狀況（如班次安排、生產流程）、車間分布、地下管網分布以及與相關方的環境因素控制界面等了解清楚，并核查組織的有關證明材料、污染物監測報告等文件。如果組織準備不充分，缺少相關文件或漏測了項目，審核組應給組織留出補充和改進的時間，并要求其在第二階段審核前提供補充文件和相關報告，從而避免第二階段審核時出現不能滿足標準要求，甚至不能滿足法律法規要求的情況。
在第一階段審核時，往往會發現組織存在較多問題，審核組開具不符合報告和問題清單時，應要求組織認真整改并提供證實材料。切忌在第一階段審核發現的問題未閉環，特別是環境因素、法律與其他要求、目標和指標、環境管理方案、組織結構和職責、監測和測量等要素的文件尚存明顯問題的情況下，匆匆進行第二階段審核。