CS 認證由中國中小企業能建委授權的評估機構進行評估和發證。具體的辦理流程如下：
申請企業自主選擇評估機構，提交申請；
評估機構確定受理后，與申請企業簽訂合同；
申請企業向評估機構提交資料，評估機構進行文件評審；
文件評審通過后，評估機構實施現場評估；
現場評估結束后，評估機構做出機構推薦的結論，出具報告；
評估機構推薦為 CS1 級（初始級）、CS2 級（基本級）結論的申請企業，報工作部備案審查通過后，得出最終結果；初次申請級別不得高于 CS2 級（基本級）。證書有效期內，達到一定的年限和能力要求，可以逐步進行升級，不可跨級別申請；
評估機構推薦為 CS3（良好級）結論的申請企業，由專家委員會定期召開專家評議會，對申請企業滿足能力要求的真實性、適宜性和有效性進行復核并評議，得出最終結果；
評估機構推薦為 CS4 級（優秀級）、CS5 級（杰出級）結論的申請企業，由專家委員會定期召開專家評議會，申請企業現場答辯（再評估時不需要現場答辯），對申請企業滿足能力要求的真實性、適宜性和有效性進行復核并評議，得出最終結果。
不同級別申請的條件有所不同，以下是各級別的部分申請條件：
