要對重要環境因素有關的作業點進行審核，（包括顯在的和潛在的重要環境因素作業點），在這些作業點要與負責人和操作工人交談，以了解他們是否具備了這些崗位所要求的知識與技能，這些作業點是否執行了環境管理體系文件中規定的要求。
    要檢查各種重要的環境管理記錄。包括：各種主要污染物的監測記錄，法律法規的收集記錄，環境管理體系內審記錄，管理評審記錄，培訓記錄等。通過這些記錄判定體系的運行狀況和效果。
    現場觀察：審核員要對生產現場、動力設施現場、環保設施現場、危險品及化學品庫房等進行現場檢查，以判斷是否有重要的環境因素被遺漏，體系文件的實施情況，以及員工的環境意識等，做到全面了解環境管理體系在本組織的運行狀況。
    （3）審核方與受審核方共同評議：分析審核發現是審核組內部對審核中所發現的問題進行分析評審，以找出受審核方在體系上存在的問題。為了更加慎重起見，對于這些審核發現都要與受審核方的環境管理人員共同評議一次，以確認所有審核發現的事實依據。
    （4）末次會議：審核組長向受審核方宣布審核中發現的不符合項以及現場審核結論。
    編制審核報告階段：審核組在完成現場審核后，要編寫審核報告。審核報告中應包括受審核方的基本情況，環境管理體系文件評審情況，現場審核情況及審核結論等。如果審核組認為受審核方的環境管理體系符合審核準則，則推薦注冊。經認證機構技術委員會審議后即可批準注冊。
    一、環境管理體系審核
    在ISO14011環境管理體系審核程序的標準中，規定了環境管理體系審核的定義。即"環境管理體系審核是客觀地獲取審核證據并予以評價，以判斷一個組織的環境管理體系是否符合環境管理體系審核準則的一個系統化和文件化的驗證過程，包括將這一過程的結果呈報委托方。"環境管理體系審核是判定一個組織的環境管理體系是否符合環境管理體系審核準則、進而決定是否給予該組織認證注冊的一個重要步驟。
    所以環境管理體系審核首先應以客觀事實為依據，審核證據必須真實可靠；其次審核工作要遵循嚴格的程序，審核內容應應覆蓋環境管理體系標準的十七個要素；最后審核中各個步驟的工作內容都需形成文件，以保持可追塑性。例如，文件審核要有審核報告、現場審核要有檢查清單、現場審核要做詳細的記錄等。